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현재 폐수처리방법의 주류를 이루고 있는 활성 진흙법의 원리는 공기를 보내는 것으로 수중의 호기성 미생물에게 더러움을 먹게 해서, 그 미생물들을 진흙으로 뽑아내는 방법이다. 그 성질상 분해 시에 발생된 가스나 진흙이 악취를 발생하고, 중금속도 가용화되기 때문에, 악취, 환경오염이나 진흙의 처리가 문제가 되어왔다.

EM에 의한 정화법의 특징은 진흙의 감소, 진흙의 반출비용의 삭감, 수질의 향상, 악취의 저감 등으로 이제까지 문제시 되었던 과제가 해결 될 수 있게 되는 것이다. 또 처리수도 중수로서 활용할 수 있을 정도까지 정화 하는 일이 가능하다. 더구나 보통의 활성 진흙법 시설을 그대로 유용 하는 것이 가능해서 별도의 시설투자비 없이도 EM으로의 전환이 가능하다는 장점이 있다. 그리고 EM은 악취제거의 효과가 높기 때문에 우선 그런 방향에서 도입을 도모하는 것도 가능하다.

오수처리방식을 크게 나누어서 자연환경을 이용하는 Lagoon(개펄)방식과 인공적인 구조물을 사용하는 정화조방식이 있다. 어느 쪽 방식에 있어서도 EM을 활용하는 포인트는 전체에 EM을 정착시키는 것이다. 그러기 위해서는 오수에 투입하는 이외에도 구조적으로 EM이 정착되는 구조를 생각할 필요가 있다.
EM을 생물로 생각하고 먹이, 주거, 온도 등의 환경을 정돈하는 것이 중요하다. 보통 Lagoon방식이 자연환경 쪽의 EM생식에 적합한 형태로 인공적인 설비보다도 효과가 나오기 쉬운 형태이다.

일반적인 사용법으로는 최초의 오수유입장소에서 EM을 투입한다. 유입수에 대해서 1천～1만배가 되도록 EM혹은 EM활성액을 투입한다. 바닥이 흙이 아니면 세라믹이나 옥탄(숯), 기와나 벽돌 등을 부수어서 넣으면 EM이 정착되기 쉽게 된다.
더구나 상수에 있어서도 EMㆍX를 물에 접촉시키는 것으로 작은 클러스터(복수이온이나 원자 또는 분자가 결합하여 만드는 집합체)보다 고기능수를 만드는 것이 가능하다고 되어 있고, 그 때문에 샤워헤드 등도 상품으로서 판매되고 있다.